三世达赖喇嘛索南嘉措(1543—1588年),意为“祝海”,出生于拉萨附近的堆龙德庆县一个小贵族家庭。3岁坐床,是格鲁派实行活佛转世制度的正式开端。曾任哲蚌寺和色拉寺的法台(住持),并在康区理塘地方建立春科寺。1578年应蒙古土默特部首领俺答汗之邀,在青海与俺答汗会面,俺答汗赠其“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”之号,从此有了“达赖喇嘛”这一称号。1580年在康区建理塘大寺。
索南嘉措的功绩,是把格鲁派传播到了蒙古地区,使格鲁派跨出了藏族的地域并得到蒙古族人民的信奉。索南嘉措所处的时期,正是西藏内部的政治形势继续处于动荡不安的时候。这时的格鲁派只是正在走向强大的一派佛教势力,还没有做到掌握世俗政权,所以三世达赖不遗余力地在青、甘、康、内外蒙古地区讲经传法,对后世将格鲁派事业推向巅峰,起到了奠定基础的作用。
1588年在进京途中,圆寂于内蒙古的卡欧吐密,时年46岁。同年遗体被火化,骨灰送回拉萨。1592年在哲蚌寺建成十三尺高的银质灵塔,保存至今。